La Cofradía del Santísimo Cristo de la Misericordia fue fundada en Cartagena en 1462. Originalmente se dedicaba al auxilio de presos, heridos y enfermos, y a la sepultura cristiana de presos fallecidos. Tras la fundación del Hospital de Caridad, la cofradía declinó y desapareció.

En 1976, un grupo de jóvenes cartageneros lideró su refundación bajo el amparo del Cristo de la Misericordia y Nuestra Señora del Mar. La primera procesión tuvo lugar en 1979, marcando el resurgimiento de la cofradía en la Semana Santa de Cartagena. Durante los años siguientes, la cofradía experimentó cambios significativos, incluyendo el uso de nuevas imágenes, como la Virgen del Rosario y San Juan Evangelista.

En 1983, debido a decisiones del Obispado y otras cofradías, algunos de sus tercios se integraron en la Cofradía California y la del Resucitado. La cofradía continuó organizando procesiones independientes del Cristo de la Misericordia, consolidándose a lo largo de los años y enfrentando desafíos internos y externos.

En 2009, los Hermanos de la Misericordia obtuvieron el reconocimiento como Asociación Canónica, y en 2024 se les otorgó el Decreto de Erección como Cofradía del Santísimo Cristo de la Divina Misericordia. Desde entonces, la cofradía se enfoca en su labor caritativa y en la renovación de sus estatutos.